Hra se dělila na šest samostatných větví inspirovaných jinými šifrovačkami: Bednou, Krutou (zá)krůtou, Plši, Po trati, Svíčkami a TMOU! V těchto větvích platila pouze mírně pozměněná pravidla daných šifrovaček, šifry byly sázeny ve stylu původních her a hráči se mohli setkat s mnohými známými herními prvky, například:

• - s Bednářskými listy a použitím hlavolamu pro luštění některých šifer na Bedně,
• - s Krutým artefaktem na Kruté (zá)krůtě,
• - s logickými úlohami na Plších,
• - se šifrou využívající nechvalně i chvalně proslulé modely hub na Po trati,
• - s Turniketem na Svíčkách,
• - s Hymnou a šifrou s myškou a sýrem na TMOU!

Na startu Matrixu a při dokončení jednotlivých šifrovacích her dosáhl tým na stanoviště Matrixu a získal do své zásoby jeden tzv. hack. Ty bylo možno proměnit v přeskočení stanoviště na libovolné hře, nejčastěji tedy na těch hrách, které nemají svůj nápovědní system: Po trati a TMOU.

Pokud tým dokázal dokončit všech šest šifrovacích her, mohl vyluštěním semílací šifry QR dosáhnout přechodového stanoviště ven z Matrixu do reálného světa.